研究開発税制でキャッシュを増やす方法
「将来のために研究開発へ投資しているのに、なぜか手元の資金は減る一方だ…」。
経営者の皆さん、こんな悩みを抱えていませんか？
その気持ち、現場で15年、数多くの中小企業経営者と向き合ってきた私には痛いほどよく分かります。
こんにちは。
税理士法人パートナー税理士の佐藤健一です。
私自身も3つの事業を経営する傍ら、150社以上の顧問先様の税務と資金繰りを支援してきました。
本日は、そんな私が現場で効果を実証してきた「研究開発税制」を活用し、あなたの会社のキャッシュを実際に増やすための実践的な方法を、余すところなくお伝えします。
「うちには関係ない」「手続きが面倒そうだ」と感じている方ほど、この記事は必見です。
「知らなかった…」では、年間数百万円のキャッシュを失うことにもなりかねません。
制度の基礎から、税務署が見るポイント、そして明日から使える具体的なハックまで、この記事一本にすべて詰め込みました。
さあ、一緒に見ていきましょう。
目次
研究開発税制とは？基礎からわかりやすく解説
制度の全体像と目的
まず、研究開発税制とは何か、という基本から押さえましょう。
これは、企業が製品開発や技術改良のために使った「試験研究費」の一部を、納めるべき法人税から直接差し引くことができる、非常に強力な制度です。
国が「もっとイノベーションを起こして、日本の競争力を高めてほしい」という想いを込めて作った、いわば企業への応援制度なのです。
多くの経営者はこれを単なる「節税」と捉えがちですが、それは本質ではありません。
納める税金が減るということは、その分、会社に残る現金（キャッシュ）が増えるということ。
つまり、これは資金繰りを直接改善する「攻めの財務戦略」なのです。
対象となる「研究開発費」とは何か
では、具体的に何が「研究開発費」として認められるのでしょうか。
これは意外と範囲が広く、多くの経営者が見落としがちなポイントです。
会計上の「研究開発費」と税法上の「試験研究費」は少し異なりますが、税法上、対象となるのは主に以下の費用です。
- 原材料費: 新製品の試作品を作るための材料費など。
- 人件費: 研究開発に専門的に従事する従業員の給与や賞与。
- 外注費: 他の企業や大学に研究開発を委託した際の費用。
- 減価償却費: 研究開発に使う機械や建物の減価償却費。
特に中小企業の場合、研究開発だけを担当する専任の従業員がいなくても、他の業務と兼務している人の人件費を、作業時間に応じて按分して計上することが認められています。
「うちには専門の研究部署なんてないから…」と諦めるのはまだ早いのです。
どれくらいの税額控除が受けられるのか（基本・上乗せ・特別試験研究）
「で、結局いくらお得になるの？」という点が一番気になりますよね。
中小企業の場合、「中小企業技術基盤強化税制」という特別な制度が使え、これが非常に有利です。
| 項目 | 内容 |
|---|---|
| 基本の控除率 | 試験研究費の総額の12% |
| 上乗せ措置 | 試験研究費が増加した場合など、特定の条件を満たすと最大17%まで控除率がアップ |
| 控除上限額 | 原則として、その年度の法人税額の25%まで |
例えば、年間で1,000万円の研究開発費を使っていた場合、単純計算で120万円もの法人税が安くなる可能性があります。
これは利益を圧縮する「損金」ではなく、税額そのものを直接減らす「税額控除」である点が、非常にパワフルな理由です。
キャッシュを生むメカニズム：税額控除の実際の効果
法人税減税によるキャッシュインの流れ
研究開発税制が、なぜキャッシュを生むのか。
その流れは非常にシンプルです。
- 研究開発に投資する: 新製品や新技術のために費用を使う。
- 税額控除を適用する: 確定申告時に、使った研究開発費に応じた税額控除を申請する。
- 法人税が減額される: 納めるべき法人税が直接減る。
- 手元資金が増える: 本来、税金として出ていくはずだったお金が、そのまま会社に残る。
つまり、銀行から融資を受けるのとは違い、返済不要の資金が会社に生まれるのと同じ効果があるのです。
これは、資金繰りが厳しい中小企業にとって、まさに生命線となり得る制度です。
中小企業向けの特例措置とは（税額控除の繰越制度など）
「今年は赤字だから、どうせ法人税はゼロ。この制度は意味がないな…」
そう思った経営者の皆さん、お待ちください。
中小企業には、さらに手厚い特例が用意されています。
それが「税額控除の繰越制度」です。
これは、その年度に控除しきれなかった税額控除額（例えば、赤字で法人税が発生しなかった場合など）を、翌年度以降1年間にわたって繰り越せるというものです。
つまり、今年は使えなくても、来年黒字化すれば、来年の法人税を減らすために使えるのです。
この制度があるおかげで、先行投資で赤字になりがちなスタートアップや、業績に波がある企業でも、安心して研究開発に取り組むことができます。
資金繰り改善との関係：「手元資金」を守る戦略
現場で15年見てきた経験から申し上げると、強い会社の共通点は「資金繰り管理」が徹底されていることです。
研究開発税制は、この資金繰りを劇的に改善するポテンシャルを秘めています。
資金繰りは企業の生命線です。
税金は最大のコストの一つであり、これを合法的にコントロールすることが、手元資金を守る上で最も重要な戦略となります。
この制度は、単に税金が安くなるという話ではありません。
税金の支払いを抑えることで生まれたキャッシュを、さらなる研究開発への投資、人材採用、設備投資へと再投資できるのです。
この好循環を生み出すことこそが、研究開発税制を戦略的に活用するということなのです。
適用条件と申請手続きの流れ：失敗しないためのポイント
適用対象となる企業の条件
この強力な制度ですが、誰でも使えるわけではありません。
中小企業向けの特例を受けるためには、以下の主な条件を満たす必要があります。
- 青色申告書を提出している法人であること
- 資本金の額または出資金の額が1億円以下の法人であること
- 大規模法人（資本金1億円超の法人など）に株式の1/2以上を所有されていないこと
自社が対象になるか、まずは基本の条件を確認しましょう。
具体的な申請フロー（書類、期限、提出先）
「手続きが複雑そう…」と心配されるかもしれませんが、流れを理解すれば難しくありません。
基本的なフローは以下の通りです。
- 対象となる研究開発費の集計: まずは、自社の経費の中から、研究開発税制の対象となる費用（人件費、外注費など）を正確に洗い出し、集計します。
- 控除額の計算: 集計した研究開発費をもとに、税額控除額を計算します。
- 申告書への添付書類作成: 法人税の申告書に添付する「別表六(七) 研究開発税制に関する明細書」などの必要書類を作成します。
- 税務署へ申告・提出: 法人税の確定申告期限までに、作成した書類を申告書一式と共に所轄の税務署へ提出します。
これは多くの経営者が見落としがちなポイントですが、事前の申請は不要です。
確定申告の際に、しっかりと書類を整えて提出することがすべてです。
よくあるミスと税務調査での注意点
税務調査で指摘されやすいポイントも、あらかじめ押さえておきましょう。
税務署の立場で考えてみると、彼らが見たいのは「その費用が本当に研究開発のために使われたか」という客観的な証拠です。
- 人件費の根拠が曖昧: 兼務者の場合、誰が、いつ、何時間、どのような研究開発業務に従事したかを示す「業務日報」や「作業報告書」がないと、否認されるリスクが高まります。
- 対象外の費用を含めている: 例えば、既存製品の単なるデザイン変更や、販売促進のための費用は対象外です。この線引きを誤ると、後で追徴課税される可能性があります。
- 外注費の内容が不明確: 外部に委託した場合、契約書や仕様書、成果報告書などで、委託した内容が「研究開発」であることを明確に証明できるようにしておく必要があります。
実際にキャッシュが増えた！顧問先での活用事例
事例①：製造業A社「年間450万円の税額控除で資金繰り改善」
私の顧問先である、従業員30名の製造業A社の事例です。
A社は毎年、新製品開発のために多額の投資を行っていましたが、社長は「開発費はコスト」としか考えておらず、この制度を全く活用していませんでした。
そこで私から提案し、過去の経費を精査したところ、これまで費用として計上していなかった開発担当者の人件費や、試作品の材料費など、約3,750万円が研究開発費として計上できることが判明。
結果として、年間で約450万円もの税額控除を受けることに成功しました。
社長は「税金で出ていくはずだったお金で、新しい機械が買える！」と大変喜んでおられました。
事例②：ITサービス業B社「人件費の研究費計上で成功」
従業員15名のITサービス業B社は、自社で利用する新しい業務管理システムを開発していました。
社長は「自社で使うものだから対象外だろう」と思い込んでいました。
しかし、これも立派な「技術の改良・考案」に該当します。
開発に携わったエンジニア5名（全員が他業務と兼務）の作業日報を整備し、開発業務にかかった時間を正確に集計。
年間約2,000万円の人件費を研究開発費として計上し、約240万円の税額控除を実現しました。
このキャッシュで新たなエンジニアを採用し、さらなる開発スピードの向上につなげています。
成功の共通点と、経営者が押さえるべき視点
これらの成功事例には共通点があります。
それは、「これは研究開発費に当たらないだろう」という思い込みを捨て、専門家と一緒に経費を一つひとつ丁寧に見直したことです。
経営者の皆さんに押さえていただきたい視点は、「自社の事業活動の中に、新しい価値を生み出すための試行錯誤はないか？」ということです。
その試行錯誤にかかったコストの多くは、研究開発費として認められる可能性があるのです。
今すぐできる！研究開発税制ハック集
さあ、ここからはあなたの会社で今すぐ使える具体的なテクニックをご紹介します。
ハック①：「人件費」の活用で最大限の控除を狙う
研究開発費の中で最も大きな割合を占めるのが人件費です。
兼務者の人件費を漏れなく計上するために、簡単なもので良いので「作業日報」を導入し、「どの業務に何時間使ったか」を記録する習慣をつけましょう。
これが税務調査での最強の武器になります。
ハック②：「外注費」「減価償却費」を研究費に含める工夫
外部の専門家やフリーランスに開発の一部を委託していませんか？
その費用も対象になる可能性があります。
契約書に「研究開発業務委託」といった文言を入れるなど、内容を明確にしておきましょう。
また、研究に使うPCやサーバー、測定器などの減価償却費も忘れずに計上してください。
ハック③：「上乗せ措置」の条件を満たして控除率UP
控除率を12%から最大17%に引き上げる「上乗せ措置」の活用も検討しましょう。
前期よりも研究開発費を増加させるなどの条件がありますが、計画的な投資を行うことで、より大きなキャッシュ創出につながります。
ハック④：「青色申告の繰越控除」と組み合わせて効果倍増
もし過去に赤字（欠損金）が出ていて、青色申告の繰越欠損金がある場合、これを活用して課税所得を減らした上で、さらに研究開発税制の税額控除を適用できます。
節税効果が倍増する、非常に強力な組み合わせです。
ハック⑤：「年度末駆け込み対策」チェックリスト
決算が近づいてきたら、以下の項目をチェックしてみてください。
- [ ] 今期、新しい製品やサービスの開発に着手しなかったか？
- [ ] 開発担当者の人件費を漏れなく集計できているか？
- [ ] 外部への委託費用に、研究開発に該当するものはないか？
- [ ] 試作品の購入費や材料費を見落としていないか？
- [ ] 研究開発用の設備の減価償却費は計上されているか？
制度活用時のリスクと注意点
制度の誤解による申告漏れのリスク
この制度は強力な反面、適用要件を正しく理解しないと、税務調査で否認されるリスクがあります。
「たぶん大丈夫だろう」という安易な判断は禁物です。
必ず、対象となる費用の範囲や、必要な証拠書類（業務日報や契約書など）を確認しましょう。
認定を受けていない研究は対象外になる可能性
これは意外と知られていませんが、すべての研究が対象となるわけではありません。
例えば、法律で定められた規格や認定を取得するためのルーティン的な試験などは、対象外と判断されるケースがあります。
「新たな知見を得るための活動」かどうかが一つの判断基準になります。
税務署の視点で見た「グレーゾーン」の判断基準
税務署が最も気にするのは、その支出が本当に「試験研究」なのか、それとも単なる「製造」や「販売促進」なのか、という境界線です。
このグレーゾーンを判断するためには、「その活動がなければ、新しい製品や技術は生まれなかった」と客観的に説明できるかが重要になります。
日頃から、開発の目的やプロセスを記録しておくことが、何よりの防御策となるのです。
まとめ
研究開発税制は、単なる「節税」ではなく「キャッシュを守り、育てる」ための戦略的ツールです。
- 研究開発税制は、法人税を直接減らし、手元の現金を増やす強力な制度です。
- 人件費や外注費など、対象となる費用の範囲は意外と広いです。
- 中小企業には、赤字でも使える「繰越控除」などの手厚い特例があります。
- 成功の鍵は「思い込みを捨てること」と「客観的な証拠を残すこと」です。
実際の顧問先の成功例からも明らかなように、この制度を正しく理解し、戦略的に活用することで、あなたの会社の資金繰りは大きく改善する可能性があります。
まずは今日から始められる「自社の経費の中に研究開発費として計上できるものがないか、洗い出してみる」ことから取り組んでみてください。
もちろん、個別の判断には専門的な知識が必要です。
不明な点がございましたら、顧問税理士などの専門家にご相談いただくことを強くお勧めします。
皆さんの事業の発展を、心から応援しています。
